Es una deportista y ciclista de BMX, conocida por ser la única deportista colombiana en conseguir un bicampeonato olímpico. Es doble medallista de oro olímpica, ganó en los Juegos Olímpicos de Río 2016 y en los Juegos Olímpicos de Londres 2012.
Ha sido ganadora de varios campeonatos mundiales, nacionales, estadounidenses, latinoamericanos y panamericanos, entre otros.
En 2009, obtuvo uno de sus primeros títulos mundiales en la categoría Junior femenina en el Campeonato Mundial de BMX UCI 2009.
En 2016 inauguró con su nombre la Pista de Supercross BMX Mariana Pajón, en la ciudad de Medellín.
Es hija de Carlos Mario Pajón y Claudia Londoño, su padre era corredor de carreras y su madre practicaba equitación.